1859年，达尔文发表了对科学界产生了极其重大和深远影响的《物种起源》一书。这本书奠定了我们众人熟知的进化论的基石，由此带来一种全新的世界观，并得到当今科学界的公认，即人类由猿人进化而来，他们有着共同的祖先。进化论颠覆了长久以来西方人文（以人为中心）和宗教中神赋人权的传统，剥夺了人类所有的独特地位。这对于反对神创论（即神创造人和世界）的人来说，就像找到了绝妙的科学证据，欣喜若狂。甚至著名的心理学大师兼无神论者弗洛伊德(Sigmund Freud)写道:「在过去的时间里，科学的手对人类天真的自恋有过两次重大的打击。第一次是认识到我们的地球并不是宇宙的中心，而是大得难以想象的宇宙体系中的尘埃……第二次是生物学的研究剥夺了人类是特创的特殊优越性，将人类废黜为动物的后裔。」
弗洛伊德说的很对，想到被中国古人称为“万物之灵”的人竟然是猴子的后代，确实很打击人。然而，达尔文真得相信自然界中的一切都是偶然、随机、无指导和无目的的结果，并非像神创论所说的一切都是上帝支配的并带着意义和目的的创造吗？
在1859年的第一版《物种起源》末尾的概述和结论中，达尔文在两次描述生命第一次的出现时，都用了一个被动语态的词“吹气”(英文breathe)，意即最初始的生命是被吹了生气才活过来。然而被谁吹了生气呢？达尔文却没有说。很有意思的是，对于相信神创论者而言，“吹生气”这个词却是刻骨铭心。圣经创世纪2章7节说：“耶和华神用地上的尘土造人，将生气吹在他鼻孔里，他就成了有灵的活人，名叫亚当。” 这里吹生气的描述在英文中，用的是同一个词breathe，吹气者就是神。若再对照创世纪1章27节所说“神就照著自己的形像造人”，你或许就能明白为何神创论者相信人在万物中拥有独特尊贵的地位。因为人被创造时，上帝第一是按照他一切至圣美好的属性造的人；第二是将他至善圣洁荣耀的灵吹进了我们本无生命的身体里，使我们成为有灵的活人；第三，上帝从来没有将他的灵吹给其他被造的动物，而单单只给了人。当达尔文依据他的研究，收集的标本和观察的记录形成了进化论假说时，我想，他在描述自然进化到生命即将要出现那一刻时，遇见了一个难题，即如何解释这种本是随机无序无目的进化能进入到生命的范畴‑‑‑‑‑ 一个有序似乎又有目的的领域。生命从无到有的那一刻似乎需要一个推动力，或许这是为什么出现那个未知的吹气者。那么这个吹气者到底是谁呢？
达尔文自己给出了答案。《物种起源》在1859年至1872年间共出了六版。从第二版以后的所有版本中，最后一句总结里的“被吹气”一词加上了“造物主”，成了“被造物主吹气”（breathed by the Creator）。这是北京商务印书馆1997年《物种起源》第六版中文译本的翻译：“认为生命及其若干能力原来是由造物主注入到少数类型或一个类型中去的，而且认为在这个行星按照引力的既定法则继续运行的时候，最美丽的和最奇异的类型从如此简单的始端，过去曾经而且现今还在进化着；这种观点是极其壮丽的。”达尔文这里没有明说这个造物主是上帝，但其意思却指向了上帝。即使他在1863年的一封信中说这是一种圣经式的创造表述方法，代表了一种完全未知的变化过程，他却从来没有修改那之后的任何一版以澄清其真实含义。
达尔文本可以用多年的研究考察的科学证据证明创世时上帝奇妙壮丽的超自然创造，然而他选择了用之证明进化的自然主义。可是，《物种起源》并没有揭示出一个真理，却设立了一个科学假说。达尔文在书中使用“假设”一词就有360余次，使用“我们可以猜想”这一类的句子竟达900多次。纵然一百五十多年来的科学技术进步，也没能脱掉其假说的帽子。所以，无论是上帝创造论，还是自然进化论，你都需要用信心来接受，只是其带来的结果迥然不同。当信上帝时，我们明白人原来是如此的尊贵，人生原来如此有意义，更重要的是原来有一个荣耀圣洁全能却爱我的上帝做我天上的父。而当相信进化论时，我们将不得不感慨人生是虚空的虚空，更痛苦的是不得不认猴子作我们的老祖宗。
